【運行】

【現在の運行】

　・快速（起終点・停車駅）

　東三条－北三条－北燕－西白根－越後黒崎－万代

　・越後ライナー（起終点・停車駅）

　長岡－北長岡－西見附－燕三条－北燕－西白根－越後黒崎－新潟

　・普通（起終点）

　長岡－万代　長岡－新潟　東三条－万代　東三条－新潟　北燕－東三条　北燕－北三条　北燕－長岡　越後大野－万代　越後大野－新潟　西白根－万代　西見附－長岡

　※新潟から白新線・信越線直通列車あり

新潟、万代から越後大野までの区間は10～15分の高頻度運転（深夜早朝を除く）を行っており、乗車率も比較的高い水準を保っている。かつてこの区間は主に103系列のロングシート車が優先的に充当されていた。

快速は万代から東三条を結んでいるが、特に東三条側の乗車率があまり芳しく無い。新潟発着の全席指定「越後ライナー」が連日完売するなど好評であることから、日中は廃止され、朝夕はこちらに統合されるという噂もある。

新潟駅発着の一部列車のみであるが、EE115系二編成にEE124系を最大二両挟みこむ形で運行が行われていた。

これは元グリーン車を一般席として開放したサービスであり、利用客には概ね好評であったが、編成が最短５両となるため時間帯によっては過剰であり、また万代駅乗入れができないなどの問題もあった。

【不定期運行など】

現在、新潟駅を経由し信越線・上越線～白新線・羽越線を直通する優等列車が無い事から、長新線内での特急の定期運行は行われていない。不定期運行としては信越線不通時の特急しらゆき迂回運転のみである。

【過去の運行】

1988年頃（ＪＲ長新線時代）

全線通しの線内運行はなく、新潟、燕三条、長岡の各駅にて上越新幹線の東京方面に接続するダイヤが設定されていた。

・普通

新発田方面－新潟－西白根　北燕－燕三条－西見附　西見附－長岡－柏崎・越後川口方面　新潟－東三条

かつては新潟駅より新津を経て磐越西線に直通する運用も存在した。車両は新津運輸区の気動車による片乗り入れであった。

【かつて走行した列車】（越後急行時代）

信越線－羽越線を走行し新潟駅を経由するため、以下の特急・急行列車が長新線に乗り入れていた。

　・寝台特急 トワイライトエクスプレス（～2015）

　・寝台特急 日本海（～2012）

　・寝台特急 鳥海（～1997）

　・寝台特急 あけぼの（上りのみ）（～2014）

　・特急 白鳥（～2001）

など